تا زمانی که از مسواک برای مدتی استفاده شود، تعداد زیادی باکتری از جمله کاندیدا آلبیکنس، استرپتوکوک همولیتیک، پنوموکوک و غیره رشد و تکثیر می شوند. این باکتری ها مستقیماً از طریق حفره دهان به دستگاه گوارش و دستگاه تنفسی انسان حمله می کنند که ممکن است باعث التهاب روده و عفونت ریه شود. در عین حال، اگر از طریق مخاط آسیب دیده دهان وارد خون انسان شوند، باعث بیماری های خونی جدی می شود. بنابراین، پس از استفاده از مسواک، علاوه بر خشک نگه داشتن مسواک، بهتر است مسواک را برای ضدعفونی در معرض نور خورشید قرار دهید. مکانی که معمولاً مسواک و خمیردندان در آن نگهداری می شود باید تهویه مناسب و خشک باشد، در غیر این صورت باعث تولید باکتری و سایر سلامتی مضر می شود. از میکروارگانیسم ها دفعات به روز رسانی مسواک باید بین یک تا دو ماه باشد.
